Τα όργανα διοίκησης του ΠΣΣΕ αποτελούνται από τη Γενική Συνέλευση η οποία παίρνει όλες τις σοβαρές θεσμικές αποφάσεις του Συμβουλίου, τη Διοικούσα Επιτροπή η οποία είναι το ανώτατο διοικητικό όργανο του Συμβουλίου και αποτελείται από εκπροσώπους των οργανώσεων μελών του Συμβουλίου και από αριστίνδην μέλη και την Εκτελεστική Γραμματεία η οποία απαρτίζεται από τους αξιωματούχους της Διοικούσας Επιτροπής.
